微生物實驗室主要進行微生物學指標的檢測工作。分為無菌區(qū)和有菌區(qū)，擁有無菌工作間、超級潔凈工作臺、低溫生化培養(yǎng)箱、恒溫培養(yǎng)箱、超低溫冰箱、高速冷凍離心機、程控封口機等實驗設(shè)施和設(shè)備。本實驗室可以提供多種環(huán)境微生物的檢測服務，如菌落總數(shù)、總大腸菌群、耐熱大腸菌群（糞大腸菌群）、大腸埃希氏菌等，其中進口的超低溫冰箱可以提供優(yōu)質(zhì)的菌種保藏服務。
